Gebyrerne fastsættes ud fra de omkostninger, der medgår i de ydelser, som Søfartsstyrelsen har ved udførelsen af de forskellige arbejdsopgaver.

Derfor bliver nogle gebyrer højere mens andre bliver lavere. Gebyrerne bliver løbende justeret, lige som det sker med gebyrer for andre ydelser til borgerne generelt. Formålet med justeringerne er, at Søfartsstyrelsen skal have dækket omkostningerne ved ordningen set over en fire-årig periode, så der ikke opstår hverken overskud eller underskud.